Ошибка «Долгий ответ сервера» на странице Вебмастера должна стать приоритетной для решения. Причин, которые провоцируют ее появления может быть несколько.
Проблема может быть на стороне Яндекс, проблемы на стороне хостера, большие нагрузки на серверах хостинга, некорректная работа различных плагинов, модулей, скриптов и прочего.
Качественная проверка вручную ответа сайта помогает понять причину и составить план ее решения.
Если после проверки ответ сайта укладывается в норму, то проблема на стороне Яндекса и ошибка присвоена ошибочно. Тогда переживать нечего, и она сама пропадет через день-другой после повторной проверки ботом. Могло послужить присвоению ошибки и то, что хостер проводил техобслуживание или были какие-то сбои в работе.
Если ответ сайта при ручной проверке показывает долгий ответ в пиковые часы посещения, то нужно переходить на другой хостинг, который позволит избежать перегрузок. Проверить нужно и все плагины по очереди, скрипты.
Наиболее правильным решением будет связаться с технической поддержкой хостинга и описать проблему, попросив помочь в ее решении.